Avaliação do desempenho da PCR em tempo real para o diagnóstico de meningite por Enterovirus / Evaluation of a real-time PCR assay performance for the diagnosis of enteroviral meningitis

O gênero Enterovirus (EV) é o agente etiológico mais frequente e responsável pela ocorrência de meningite viral no mundo. O objetivo deste trabalho foi de avaliar resultados da implantação do ensaio de PCR em tempo real (RT-qPCR) para a detecção de EV. Foram selecionadas 616amostras de líquido cefalorraquidiano (LCR) de pacientes com meningite, recebidas para realizar período de 1998-2013. Os RNAs foram extraídos diretamente do LCR pelo método QIAamp®, e o ensaio TaqMan® foi aplicado. A avaliação foi feita comparando-se resultados de RT-qPCR com os obtidos pelo método de isolamento em cultura de células.Das 616 amostras analisadas, 94 (15,2 %) foram positivas para EV no ensaio de RT-qPCR; e na cultura celular EV foi isolado de 58 (9,4 %) amostras. Valores de sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo e valor preditivo negativo foram de 89,70 %, 92,40 %, 55,30 % e 98,90 %,respectivamente. O RT-qPCR foi ligeiramente superior à cultura viral para a detecção de EV no LCR. O RT-qPCR TaqMan® é um ensaio rápido e sensível, facilmente exeqüível e com potencial para melhorar o diagnóstico da meningite viral na rotina do laboratório de saúde pública noEstado de São Paulo.

The genus Enterovirus (EV) is the most frequent etiological agent responsible for the occurrence of viral meningitis in the world. The objective of this work was to evaluate the results of the implantation of the real-time PCR assay (RT-qPCR) for the detection of EV. We selected 616 samples of cerebrospinal fluid (CSF) from patients with meningitis, received for the period 1998-2013. The RNAs were extracted directly from the CSF by the QIAamp® method, and the TaqMan® assay was applied. The results of the RT-qPCR test were compared with those obtained by the cell culture isolation method. Of the 616 samples analyzed, 94 (15.2%) were positive for EV in the RT-qPCR assay; And cell culture EV was isolated from 58 (9.4%) samples. Sensitivity, specificity, positive predictive value and negative predictive values ​​were 89.70%, 92.40%, 55.30% and 98.90%, respectively. The RT-qPCR was slightly superior to the viral culture for the detection of EV in the CSF. RT-qPCR TaqMan® is a rapid and sensitive, easily feasible and potential test to improve the diagnosis of viral meningitis in the routine of the public health laboratory in the State of São Paulo.

Avaliação do desempenho da PCR em tempo real para o diagnóstico de meningite por Enterovirus / Evaluation of a real-time PCR assay performance for the diagnosis of enteroviral meningitis

O gênero Enterovirus (EV) é o agente etiológico mais frequente e responsável pela ocorrência de meningite viral no mundo. O objetivo deste trabalho foi de avaliar resultados da implantação do ensaio de PCR em tempo real (RT-qPCR) para a detecção de EV. Foram selecionadas 616 amostras de líquido cefalorraquidiano (LCR) de pacientes com meningite, recebidas para realizar diagnóstico laboratorial no período de 1998-2013. Os RNAs foram extraídos diretamente do LCR pelo método QIAamp®, e o ensaio TaqMan® foi aplicado. A avaliação foi feita comparando-se resultados de RT-qPCR com os obtidos pelo método de isolamento em cultura de células. Das 616 amostras analisadas, 94 (15,2 %) foram positivas para EV no ensaio de RT-qPCR; e na cultura celular EV foi isolado de 58 (9,4 %) amostras. Valores de sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo e valor preditivo negativo foram de 89,70 %, 92,40 %, 55,30 % e 98,90 %, respectivamente. O RT-qPCR foi ligeiramente superior à cultura viral para a detecção de EV no LCR. O RT-qPCR TaqMan® é um ensaio rápido e sensível, facilmente exeqüível e com potencial para melhorar o diagnóstico da meningite viral na rotina do laboratório de saúde pública no Estado de São Paulo.

Enterovirus (EV) genus is the most frequent etiological agent causing viral meningitis worldwide. This study aimed at evaluating the performance of real-time reverse transcription-PCR (RT-qPCR) assay for detecting EV. A total of 616 cerebrospinal fluid (CSF) samples from patients with meningitis were selected, among those received at EV diagnosis laboratory from 1998 to 2013. RNAs were directly extracted from CSF by using QIAamp® Viral RNA Mini Kit, and TaqMan® RT-qPCR assay was applied. Evaluation was made by comparing the RT-qPCR results with those found in the cell culture for viral isolation method. Of 616 analyzed samples, 94 (15.20%) were positive for EV RNA on the RT-qPCR assay; and in the cell culture EV was isolated from 58 (9.40 %) samples. The assay showed sensitivity, specificity, positive predictive value and negative predictive value of 89.70 %, 92.40 %, 55.30 % and 98.90 %, respectively. In the present study, the RT-qPCR assay was slightly superior when compared to the viral culture technique for detecting EV from CSF samples. The TaqMan® RT-qPCR assay shows to be a fast and sensitive assay, easy to perform, and it shows a potential to improve the viral meningitis diagnosis in the public health laboratory in São Paulo State.